· Aus der Sicht der meisten Ernährungswissenschaftler ist die Trennkost nicht geeignet für eine Gewichtsabnahme, weil nur die Gesamtzahl der verzehrten Kalorien zählt, nicht die Kombination der Nahrung. Eine Studie des Schweizer Forschers Golay stellte dementsprechend auch keine Vorteile der Trennkost gegenüber einer üblichen Mischkost bei gleichem Energiegehalt fest.

· Die Deutsche Gesellschaft für Ernährung DGE rät von der Hay'schen Trennkost ab und hält die zugrundeliegende Theorie für "wissenschaftlich nicht haltbar". Sie verweist unter anderem darauf, dass eine Vielzahl von Lebensmitteln sowohl Kohlehydrate wie auch Eiweiße und Fette enthält. Sie beurteilt die Trennkost als vorwiegend lactovegetabile Diät. Die Empfehlung, den Fleischkonsum zu reduzieren wird jedoch begrüßt. Die Nährstoffversorgung sei bei Einhaltung nicht gesichert, es könne zu einem Vitaminmangel kommen. Des Weiteren bringe eine basenüberschüssige Kost keine belegbaren gesundheitlichen Vorteile. Eine Übersäuerung bei üblicher Mischkost sei bei Gesunden nicht zu befürchten, da die menschlichen Puffersysteme den Säure-Basen-Spiegel im Körper konstant halten. Das Fazit der DGE zur Trennkost: "Diese Vorstellungen entbehren jeder wissenschaftlichen Basis. Eine vollwertige Ernährung nach den Hayschen Lehren ist auf Dauer nur eingeschränkt möglich, da die Lebensmittelauswahl nicht ausgewogen ist".